Régészeti leletek bizonyítékai alapján a település az őskor óta lakott. Nevét a honfoglaló Nyék vezérről kapta. Nevének mai formáját, az Alsó tag kiegészítést a XVIII. században vette fel, az azonos nevű településtől való megkülönböztetés végett. A török támadások Alsónyéket is elérték. A török kiűzését követően a XVIII. században indult fejlődésnek a település. Az I. világháború alatt rövid ideig szerb megszállási terület volt, ezt követően azonban dinamikusan fejlődött a II. világháborúig. Az eddig virágzó mezőgazdaság, a háborút követő kollektivizálás révén hanyatlásnak indult. 1970-ben közigazgatásilag összevonták Bátaszékkel. A fejlődés újabb hullámát a rendszerváltás hozta, melynek révén újra önálló település.